菰有秋产单季和秋夏双季两类，均用分株繁殖，长江流域单季菰在清明至谷雨分墩定植，夏秋双季菰可分春秋两季，春栽在谷雨前后，秋栽在立秋前后，由于灰菰、雄菰每年都会在正常的菰田内自然产生，因此必须年年选种。在一些新引种菰的地方，往往是第1年生产较好，第2年即开始出现灰菰、雄菰现象，第3年种墩就不能做种，出现大量灰菰、雄菰，产量大幅度降低。若用灰菰、雄菰的种墩或分株做种，第2年还是灰菰和雄菰，绝不会成为正常菰。
在秋菰采收前，选取孕菰早、菰肉粗壮白嫩、主菰与蘖菰采收期一致、无灰菰、无病虫害、四周无雄菰的优良单株，插竿作为标记，发现灰菰、雄菰应将叶片打结作为记号，到第2年春季分墩时，先将灰菰、雄菰连根挖去。每亩田需种株200-300墩。选好的优良种株待采收后，于12月中旬至翌年1月中旬将种菰丛连根挖起。
菰种株以地表向下1-2节地下茎所萌发的芽为有效分蘖，所以应切除种株最上部和最下部各节，留中间一段进行扦插假植。假植的行距为50厘米，株距15厘米，每隔5-6行留出80厘米的走道，假植深度以齐菰墩泥为度，并保持1-2厘米的浅水层。为了促使假植苗早发根萌芽，防止受冻，秧田可采用地膜覆盖，能使菰提早生长发育，从而提早成熟和提高产量。
当假植苗成活后，每亩秧田可施入碳酸氢铵3-4千克，促进幼苗生长。春季对根茎密集、分蘖拥挤的菰墩，当苗高10厘米左右时应将细弱分蘖除去，同时向根际压1块泥，使蘖芽向四周散开，以改善营养状况和株间通风透光。在移栽定植前1周，除去生长势过旺、趋向“雄化”的幼苗，以减少雄菰的发生。由匍匐茎上萌芽的“游菰”不能作种菰用
